El 7 de octubre de 1617, tras años de obras y privilegios eclesiásticos, se celebró con gran ceremonia la conversión de la antigua parroquia de San Pedro en Iglesia Colegial, con independencia total del arzobispado de Burgos. A petición directa del duque de Lerma, el papa Paulo V otorgó bula para elevarla a “nullius diócesis”, es decir, dependiente solo de la Santa Sede. Construida sobre restos de un templo gótico, siguió los planos del arquitecto carmelita Fray Alberto de la Madre de Dios, autor también del convento de las Descalzas Reales de Madrid. De planta de salón con tres naves, girola y capillas laterales, mide 222 pies de largo, 77 de ancho y 51 de alto. Su construcción costó 80.000 ducados.

El artífice inicial del proyecto fue el tío del duque, el arzobispo Don Cristóbal de Rojas y Sandoval, cuya estatua orante en bronce —diseñada por Pompeo Leoni y realizada por Juan de Arfe— preside el interior. El retablo mayor, de estilo barroco, despliega columnas salomónicas, estípites, decoración vegetal y figuras de amorcillos dorados. Destacan también los órganos gemelos construidos por Diego de Quijano en 1615 y 1617, organero mayor de Felipe III. En la sacristía se conservan retratos del duque pintados por Juan Pantoja de la Cruz, cantorales, calvario, y una mesa taraceada con piedras italianas de colores, regalo ceremonial del papa Paulo V.

El palacio se conectaba con la Ex-Colegiata mediante pasadizos elevados que atravesaban la Plaza Mayor, los arcos de Santa Clara y llegaban al Monasterio de la Ascensión. Por allí podía desplazarse el duque sin salir al exterior. La celebración de la Traslación del Santísimo Sacramento en 1617 dio lugar a las fiestas más largas documentadas en Europa, con semanas de representaciones teatrales, música, danzas y fastos religiosos.

En 1616, mientras se terminaban las obras de la Ex-Colegiata de San Pedro, moría en Madrid Miguel de Cervantes, el escritor más universal de nuestra lengua. Un año después, en 1617, se celebraba en Lerma la solemne Traslación del Santísimo Sacramento. Mientras el duque alzaba un templo para impresionar a Roma, Cervantes dejaba impreso su legado en papel humilde y eterno. Dos formas de buscar la inmortalidad: una con piedra y oro; otra con tinta.

La puerta principal —aún la original— se conserva desde 1616, con madera de pino y clavos de bronce. La altura interior del templo (15 metros) iguala a la de muchas catedrales menores de la época. Su coste total equivaldría hoy a la renta anual de 2.000 soldados españoles en Flandes, o a más de 300 toneladas de pan. Fue pensada para ser la iglesia más importante de Castilla sin ser catedral.

Ya en el siglo XIX, la familia del poeta José Zorrilla vivió frente a la colegiata, acogida por su tío materno tras el destierro. Hoy puede verse su estatua junto a las escaleras que bajan a aquella casa. Así, la ex-colegiata ha sido testigo de la historia espiritual, nobiliaria y literaria de la villa. Desde sus muros, la devoción y el arte barroco siguen hablando con voz alta.